La pédagogie Montessori a été mise en œuvre par sa fondatrice Maria Montessori dans les années 1900 et aujourd’hui encore, elle apporte un regard juste sur l’enfant.
Regard bienveillant, confiant et respectueux qui est adopté par la plupart des psychologues et des pédagogues actuellement. Les outils concrets qu’elle nous a laissé (le matériel pédagogique, l’ambiance de la classe, le rôle de l’éducateur…) sont eux encore assez méconnus malheureusement alors qu’il s’agit d’outils simples, en parfaite cohérence avec les connaissances actuelles sur le développement des jeunes enfants.
Dans une classe Montessori, les enfants 
décident eux-mêmes du matériel pédagogique qu’ils souhaitent manipuler. Tout le matériel est disposé sur des étagères basses (à hauteur d’enfant) soit alignées le long des murs, soit placées au milieu de la pièce créant ainsi une délimitation entre différents espaces de travail. Sur ces étagères, les enfants trouvent des plateaux sur lesquels est présenté le matériel pédagogique afin de faciliter son transport. 
Chaque plateau a une place immuable et il n’en existe qu’un seul exemplaire. Tout est pensé pour que l’enfant puisse se servir du matériel par lui-même, sans solliciter l’aide de l’adulte. Une fois son matériel choisi, l’enfant décide de s’installer où il lui convient dans l’espace classe, sur une petite table ou sur un tapis au sol. Une fois installé, l’enfant est libre de manipuler le matériel le temps qu’il lui est nécessaire. L’enfant peut également ne pas choisir de plateau et observer ses camarades, se reposer…
Les principes fondateurs de la pédagogie Montessori que l’on retrouve à Graines d’Arc en Ciel :
1) Le libre choix
Le libre choix du matériel met l’enfant en connexion avec ses besoins propres. Le matériel existant en un seul exemplaire, ce n’est pas par imitation que l’enfant va choisir son plateau mais pour répondre à son besoin profond du moment. Il apprend ainsi à repérer ses besoins et à les satisfaire, clef de l’autonomie et de l’estime de soi. Il exprime et renforce ainsi sa personnalité.
Le libre choix de la durée de manipulation permet à l’enfant, par la répétition, de construire les gestes nécessaires à son activité. Ainsi, il expérimente, confirme ses impressions, s’entraîne, se perfectionne et s’arrête lorsqu’il a été au bout de son activité.
Lorsqu’il a fini son travail, l’enfant doit aller ranger le matériel à sa place. La liberté de l’enfant s’arrête où commence celle de l’autre, dans le souci du respect de chacun.
2) L’autodiscipline
Pour garantir le libre choix de tous, quelques règles sont nécessaires :
• parler à voix basse
• se déplacer silencieusement pour aller chercher son matériel
• prendre uniquement un plateau qui se trouve à sa place
• prendre uniquement un plateau déjà présenté par l’éducatrice
• remettre son plateau en place lorsque l’on a terminé d’utiliser le matériel qu’il contient
De fait la liberté de choix est relative dans la mesure où c’est l’éducateur qui décide du matériel disposé dans la classe et du moment de le présenter à l’enfant. Les éducateurs sont les berges de la rivière, le cadre dans lequel l’enfant peut se diriger librement.
Dans la pédagogie Montessori, l’autodiscipline et la liberté vont de pair. L’adulte ne doit pas chercher à obtenir la discipline par la contrainte et l’autorité mais au contraire attendre avec patience que l’autodiscipline émerge de la concentration et de la liberté.
L’enfant exerce sa propre volonté au lieu de se soumettre à celle de l’adulte. De même, à la fin de son activité, l’enfant est invité à repérer lui-même ses erreurs, le matériel étant dans sa quasi totalité auto correctif. L’enfant n’a pas à attendre la validation de l’adulte pour savoir s’il a ou non compris. Il peut le vérifier seul. Pour Maria Montessori, il ne s’agit pas tant d’avoir « juste » ou « faux» que de s’exercer à faire mieux, se perfectionner dans l’activité.
3) Le rôle de l’éducateur
La classe montessorienne est donc comme une ruche où chacun s’affaire à sa tâche, va et vient, saisit, s’installe, range, nettoie, aide un autre enfant en parlant à voix basse pendant que l’adulte observe, oriente parfois, note ses observations dans son cahier, veille au maintien de l’ambiance de travail.
Selon Maria Montessori, il est plus profitable d’agir sur l’environnement plutôt que sur l’enfant lui-même. Par exemple, il s’agit de parler moins fort pour l’inciter à en faire autant, plutôt que de lui ordonner de le faire. Ou encore, de mettre à sa portée des meubles de rangement plutôt que lui demander de ranger.
L’éducateur n’est pas là pour transmettre un savoir mais pour accompagner l’enfant dans la réalisation de lui-même par lui-même. « Il s’agit moins d’imposer des savoirs que d’éveiller le désir de connaître des enfants et d’y répondre par un environnement et des outils pédagogiques qui les placent en situation de chercheur actifs construisant leur savoir et non d’auditeurs passifs répétant leurs leçons. »
4) Le respect du rythme de chacun
Le rythme de travail est propre à chaque enfant et peut varier en fonction des moments de la journée, de l’activité, des différentes période de son développement.
L’école, par la mise en place des classes d’âges mélangés, le travail individuel, le libre choix de son activité… s’adapte au rythme de chacun, sans notion d’avance ou de retard.
On peut en effet comparer tout apprentissage à celui de la marche. Certains enfants marchent à dix mois, d’autres à dix-huit. En définitive, tous marchent, peu importe à quel âge a eu lieu le premier pas. L’essentiel est que l’enfant ait vécu cet apprentissage au bon moment POUR LUI, afin de le vivre dans la confiance.
5) L’apprentissage par l’expérience
Pour s’approprier les concepts, l’enfant doit d’abord manipuler, de façon concrète, à l’aide de ses cinq sens. Une partie du matériel créé par Maria Montessori est dit « sensoriel » parce qu’il répond justement à cette nécessité d’appréhender les notions par les sens bien avant de les conceptualiser.
6) L’éducation, une aide à la vie
La finalité de l’éducation Montessorienne est de développer tout le potentiel humain, de construire en l’enfant une possibilité d’être au monde et d’avoir conscience du monde dans lequel il vit, d’y être adapté mais aussi capable de le transformer.
Selon Maria Montessori, l’enfant est potentiellement bon, et il suffit de le respecter pour qu’il le reste.Le respecter, c’est l’inviter à respecter les autres, et donc, le préparer à une vie sociale harmonieuse. Le but de l’éducation montessorienne est d’aider l’enfant à acquérir une discipline intérieure.